药物牙膏容易产生副作用，如某些含有较多的生物碱及其他刺激性较强的药物牙膏，对人体的口腔粘膜还有一定的损害，甚至会造成牙龈炎、口腔炎、舌炎等口腔疾病，反而影响身体健康。

一些药物牙膏中还会有活性较强的染色素，使用这样的牙膏，久而久之，会污染牙面，妨碍牙齿的美观。

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